Cuckoo Filter:设计与实现
(感谢网友 @我的上铺叫路遥 投稿)
对于海量数据处理业务,我们通常需要一个索引数据结构,用来帮助查询,快速判断数据记录是否存在,这种数据结构通常又叫过滤器(filter)。考虑这样一个场景,上网的时候需要在浏览器上输入URL,这时浏览器需要去判断这是否一个恶意的网站,它将对本地缓存的成千上万的URL索引进行过滤,如果不存在,就放行,如果(可能)存在,则向远程服务端发起验证请求,并回馈客户端给出警告。
索引的存储又分为有序和无序,前者使用关联式容器,比如B树,后者使用哈希算法。这两类算法各有优劣:比如,关联式容器时间复杂度稳定O(logN),且支持范围查询;又比如哈希算法的查询、增删都比较快O(1),但这是在理想状态下的情形,遇到碰撞严重的情况,哈希算法的时间复杂度会退化到O(n)。因此,选择一个好的哈希算法是很重要的。
时下一个非常流行的哈希索引结构就是bloom filter,它类似于bitmap这样的hashset,所以空间利用率很高。其独特的地方在于它使用多个哈希函数来避免哈希碰撞,如图所示(来源wikipedia),bit数组初始化为全0,插入x时,x被3个哈希函数分别映射到3个不同的bit位上并置1,查询x时,只有被这3个函数映射到的bit位全部是1才能说明x可能存在,但凡至少出现一个0表示x肯定不存在。
但是,bloom filter的这种位图模式带来两个问题:一个是误报(false positives),在查询时能提供“一定不存在”,但只能提供“可能存在”,因为存在其它元素被映射到部分相同bit位上,导致该位置1,那么一个不存在的元素可能会被误报成存在;另一个是漏报(false nagatives),同样道理,如果删除了某个元素,导致该映射bit位被置0,那么本来存在的元素会被漏报成不存在。由于后者问题严重得多,所以bloom filter必须确保“definitely no”从而容忍“probably yes”,不允许元素的删除。
关于元素删除的问题,一个改良方案是对bloom filter引入计数,但这样一来,原来每个bit空间就要扩张成一个计数值,空间效率上又降低了。
Cuckoo Hashing
为了解决这一问题,本文引入了一种新的哈希算法——cuckoo filter,它既可以确保该元素存在的必然性,又可以在不违背此前提下删除任意元素,仅仅比bitmap牺牲了微量空间效率。先说明一下,这个算法的思想来源是一篇CMU论文,笔者按照其思路用C语言做了一个简单实现(Github),附上对一段文本数据进行导入导出的正确性测试。
接下来我会结合自己的示例代码讲解哈希算法的实现。我们先来看看cuckoo hashing有什么特点,它的哈希函数是成对的(具体的实现可以根据需求设计),每一个元素都是两个,分别映射到两个位置,一个是记录的位置,另一个是备用位置。这个备用位置是处理碰撞时用的,这就要说到cuckoo这个名词的典故了,中文名叫布谷鸟,这种鸟有一种即狡猾又贪婪的习性,它不肯自己筑巢,而是把蛋下到别的鸟巢里,而且它的幼鸟又会比别的鸟早出生,布谷幼鸟天生有一种残忍的动作,幼鸟会拼命把未出生的其它鸟蛋挤出窝巢,今后以便独享“养父母”的食物。借助生物学上这一典故,cuckoo hashing处理碰撞的方法,就是把原来占用位置的这个元素踢走,不过被踢出去的元素还要比鸟蛋幸运,因为它还有一个备用位置可以安置,如果备用位置上还有人,再把它踢走,如此往复。直到被踢的次数达到一个上限,才确认哈希表已满,并执行rehash操作。如下图所示(图片来源):
我们不禁要问发生哈希碰撞之前的空间利用率是多少呢?不幸地告诉你,一维数组的哈希表上跟其它哈希函数没什么区别,也就50%而已。但如果是二维的呢?
一个改进的哈希表如下图所示,每个桶(bucket)有4路槽位(slot)。当哈希函数映射到同一个bucket中,在其它三路slot未被填满之前,是不会有元素被踢的,这大大缓冲了碰撞的几率。笔者自己的简单实现上测过,采用二维哈希表(4路slot)大约80%的占用率(CMU论文数据据说达到90%以上,应该是扩大了slot关联数目所致)。
Cuckoo Filter设计与实现
cuckoo hashing的原理介绍完了,下面就来演示一下笔者自己实现的一个cuckoo filter应用,简单易用为主,不到500行C代码。应用场景是这样的:假设有一段文本数据,我们把它通过cuckoo filter导入到一个虚拟的flash中,再把它导出到另一个文本文件中。flash存储的单元页面是一个log_entry,里面包含了一对key/value,value就是文本数据,key就是这段大小的数据的SHA1值(照理说SHA1是可以通过数据源生成,没必要存储到flash,但这里主要为了测试而故意设计的,万一key和value之间没有推导关系呢)。
#define SECTOR_SIZE (1 << 10) #define DAT_LEN (SECTOR_SIZE - 20) /* minus sha1 size */ /* The log entries store key-value pairs on flash and the * size of each entry is assumed just one sector fit. */ struct log_entry { uint8_t sha1[20]; uint8_t data[DAT_LEN]; };
顺便说明一下DAT_LEN设置,之前我们设计了一个虚拟flash(用malloc模拟出来),由于flash的单位是按页大小SECTOR_SIZE读写,这里假设每个log_entry正好一个页大小,当然可以根据实际情况调整。
以上是flash的存储结构,至于哈希表里的slot有三个成员tag,status和offset,分别是哈希值,状态值和在flash的偏移位置。其中status有三个枚举值:AVAILIBLE,OCCUPIED,DELETED,分别表示这个slot是空闲的,占用的还是被删除的。至于tag,按理说应该有两个哈希值,对应两个哈希函数,但其中一个已经对应bucket的位置上了,所以我们只要保存另一个备用bucket的位置就行了,这样万一被踢,只要用这个tag就可以找到它的另一个安身之所。
enum { AVAILIBLE, OCCUPIED, DELETED, }; /* The in-memory hash bucket cache is to filter keys (which is assumed SHA1) via * cuckoo hashing function and map keys to log entries stored on flash. */ struct hash_slot_cache { uint32_t tag : 30; /* summary of key */ uint32_t status : 2; /* FSM */ uint32_t offset; /* offset on flash memory */ };
乍看之下size有点大是吗?没关系,你也可以根据情况调整数据类型大小,比如uint16_t,这里仅仅为了测试正确性。
至于哈希表以及bucket和slot的创建见初始化代码。buckets是一个二级指针,每个bucket指向4个slot大小的缓存,即4路slot,那么bucket_num也就是slot_num的1/4。这里我们故意把slot_num调小了点,为的是测试rehash的发生。
#define ASSOC_WAY (4) /* 4-way association */ struct hash_table { struct hash_slot_cache **buckets; struct hash_slot_cache *slots; uint32_t slot_num; uint32_t bucket_num; }; int cuckoo_filter_init(size_t size) { ... /* Allocate hash slots */ hash_table.slot_num = nvrom_size / SECTOR_SIZE; /* Make rehashing happen */ hash_table.slot_num /= 4; hash_table.slots = calloc(hash_table.slot_num, sizeof(struct hash_slot_cache)); if (hash_table.slots == NULL) { return -1; } /* Allocate hash buckets associated with slots */ hash_table.bucket_num = hash_table.slot_num / ASSOC_WAY; hash_table.buckets = malloc(hash_table.bucket_num * sizeof(struct hash_slot_cache *)); if (hash_table.buckets == NULL) { free(hash_table.slots); return -1; } for (i = 0; i < hash_table.bucket_num; i++) { hash_table.buckets[i] = &hash_table.slots[i * ASSOC_WAY]; } }
下面是哈希函数的设计,这里有两个,前面提到既然key是20字节的SHA1值,我们就可以分别是对key的低32位和高32位进行位运算,只要bucket_num满足2的幂次方,我们就可以将key的一部分同bucket_num – 1相与,就可以定位到相应的bucket位置上,注意bucket_num随着rehash而增大,哈希函数简单的好处是求哈希值十分快。
#define cuckoo_hash_lsb(key, count) (((size_t *)(key))[0] & (count - 1)) #define cuckoo_hash_msb(key, count) (((size_t *)(key))[1] & (count - 1))
终于要讲解cuckoo filter最重要的三个操作了——查询、插入还有删除。查询操作是简单的,我们对传进来的参数key进行两次哈希求值tag[0]和tag[1],并先用tag[0]定位到bucket的位置,从4路slot中再去对比tag[1]。只有比中了tag后,由于只是key的一部分,我们再去从flash中验证完整的key,并把数据在flash中的偏移值read_addr输出返回。相应的,如果bucket[tag[0]]的4路slot都没有比中,我们再去bucket[tag[1]]中比对(代码略),如果还比不中,可以肯定这个key不存在。这种设计的好处就是减少了不必要的flash读操作,每次比对的是内存中的tag而不需要完整的key。
static int cuckoo_hash_get(struct hash_table *table, uint8_t *key, uint8_t **read_addr) { int i, j; uint8_t *addr; uint32_t tag[2], offset; struct hash_slot_cache *slot; tag[0] = cuckoo_hash_lsb(key, table->bucket_num); tag[1] = cuckoo_hash_msb(key, table->bucket_num); /* Filter the key and verify if it exists. */ slot = table->buckets[tag[0]]; for (i = 0; i bucket_num) == slot[i].tag) { if (slot[i].status == OCCUPIED) { offset = slot[i].offset; addr = key_verify(key, offset); if (addr != NULL) { if (read_addr != NULL) { *read_addr = addr; } break; } } else if (slot[i].status == DELETED) { return DELETED; } } ... }
接下来先将简单的删除操作,之所以简单是因为delete除了将相应slot的状态值设置一下之外,其实什么都没有干,也就是说它不会真正到flash里面去把数据清除掉。为什么?很简单,没有必要。还有一个原因,flash的写操作之前需要擦除整个页面,这种擦除是会折寿的,所以很多flash支持随机读,但必须保持顺序写。
static void cuckoo_hash_delete(struct hash_table *table, uint8_t *key) { uint32_t i, j, tag[2]; struct hash_slot_cache *slot; tag[0] = cuckoo_hash_lsb(key, table->bucket_num); tag[1] = cuckoo_hash_msb(key, table->bucket_num); slot = table->buckets[tag[0]]; for (i = 0; i bucket_num) == slot[i].tag) { slot[i].status = DELETED; return; } ... }
了解了flash的读写特性,你就知道为啥插入操作在flash层面要设计成append。不过我们这里不讨论过多flash细节,哈希表层面的插入逻辑其实跟查询差不多,我就不贴代码了。这里要贴的是如何判断并处理碰撞,其实这里也没啥玄机,就是用old_tag和old_offset保存一下临时变量,以便一个元素被踢出去之后还能找到备用的安身之所。但这里会有一个判断,每次踢人都会计数,当alt_cnt大于512时候表示哈希表真的快满了,这时候需要rehash了。
static int cuckoo_hash_collide(struct hash_table *table, uint32_t *tag, uint32_t *p_offset) { int i, j, k, alt_cnt; uint32_t old_tag[2], offset, old_offset; struct hash_slot_cache *slot; /* Kick out the old bucket and move it to the alternative bucket. */ offset = *p_offset; slot = table->buckets[tag[0]]; old_tag[0] = tag[0]; old_tag[1] = slot[0].tag; old_offset = slot[0].offset; slot[0].tag = tag[1]; slot[0].offset = offset; i = 0 ^ 1; k = 0; alt_cnt = 0; KICK_OUT: slot = table->buckets[old_tag[i]]; for (j = 0; j < ASSOC_WAY; j++) { if (offset == INVALID_OFFSET && slot[j].status == DELETED) { slot[j].status = OCCUPIED; slot[j].tag = old_tag[i ^ 1]; *p_offset = offset = slot[j].offset; break; } else if (slot[j].status == AVAILIBLE) { slot[j].status = OCCUPIED; slot[j].tag = old_tag[i ^ 1]; slot[j].offset = old_offset; break; } } if (j == ASSOC_WAY) { if (++alt_cnt > 512) { if (k == ASSOC_WAY - 1) { /* Hash table is almost full and needs to be resized */ return 1; } else { k++; } } uint32_t tmp_tag = slot[k].tag; uint32_t tmp_offset = slot[k].offset; slot[k].tag = old_tag[i ^ 1]; slot[k].offset = old_offset; old_tag[i ^ 1] = tmp_tag; old_offset = tmp_offset; i ^= 1; goto KICK_OUT; } return 0; }
rehash的逻辑也很简单,无非就是把哈希表中的buckets和slots重新realloc一下,空间扩展一倍,然后再从flash中的key重新插入到新的哈希表里去。这里有个陷阱要注意,千万不能有相同的key混进来!虽然cuckoo hashing不像开链法那样会退化成O(n),但由于每个元素有两个哈希值,而且每次计算的哈希值随着哈希表rehash的规模而不同,相同的key并不能立即检测到冲突,但当相同的key达到一定规模后,噩梦就开始了,由于rehash里面有插入操作,一旦在这里触发碰撞,又会触发rehash,这时就是一个rehash不断递归的过程,由于其中老的内存没释放,新的内存不断重新分配,整个程序就如同陷入DoS攻击一般瘫痪了。所以每次插入操作前一定要判断一下key是否已经存在过,并且对rehash里的插入使用碰撞断言防止此类情况发生。笔者在测试中不幸中了这样的彩蛋,调试了大半天才搞清楚原因,搞IT的同学们记住一定要防小人啊~
static void cuckoo_rehash(struct hash_table *table) { ... uint8_t *read_addr = nvrom_base_addr; uint32_t entries = log_entries; while (entries--) { uint8_t key[20]; uint32_t offset = read_addr - nvrom_base_addr; for (i = 0; i < 20; i++) { key[i] = flash_read(read_addr); read_addr++; } /* Duplicated keys in hash table which can cause eternal * hashing collision! Be careful of that! */ assert(!cuckoo_hash_put(table, key, &offset)); if (cuckoo_hash_get(&old_table, key, NULL) == DELETED) { cuckoo_hash_delete(table, key); } read_addr += DAT_LEN; } ... }
到此为止代码的逻辑还是比较简单,使用效果如何呢?我来帮你找个大文件unqlite.c测试一下,这是一个嵌入式数据库源代码,共59959行代码。作为需要导入的文件,编译我们的cuckoo filter,然后执行:
./cuckoo_db unqlite.c output.c
你会发现生成output.c正好也是59959行代码,一分不差,probably yes终于变成了definitely yes。同时也可以看到,cuckoo filter真的很快!如果你想看hashing的整个过程,可以参照README里把调试宏打开。最后,欢迎给这个小玩意提交PR!
参考资料
Cuckoo Filter的论文和PPT:Cuckoo Filter: Practically Better Than Bloom
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《Cuckoo Filter:设计与实现》的相关评论
代码格式是不是可以代码的段来渲染,而不是用引用?这样代码会好看一些
难得抢到二楼!!
Got to the third floor!
耗子叔,Great article!
cuckoo_rehash这个函数的第9行显示得不对
@jonmax
转义了,我没权限改了,源代码在github上
相对于 bloom filter,增加了原始数据的一些信息进行比对来达到可以删除的效果。感觉是 hash 和 bloom filter 的结合,空间占用还是比 bloom filter 大一些。
这个文章 还没达到皓哥通熟易懂的境界……
我之前写了一篇关于bloom filter的文章,感兴趣的同学可以看看:
http://www.cnblogs.com/Jack47/p/bloom_filter_intro.html
耗子叔终于更新了
建议博主换个自适应的主题 小屏幕伤不起啊
不错啊,代码功底很强啊
强,收下学习。
收下了
代码很好用
分析的很细致,我说点这个数据结构瑕疵把
这篇论文最大的亮点其实在于用异或运算将bucketed cuckoo hashing引入了fingerprint 然而其设计有几处漏洞:
1. 异或运算带来的溢出问题 即filter得大小必须是2的整数次幂 不然异或运算的结果可能在filter的表示范围之外,这限制了它的应用
2. bucketed cuckoo hashing 的load factor固然很高,但是引入fingerprint之后却使得false-positive极大提高(paper中使用4个entry为一个bucket,也就是说一次查找至少要查询8个entry),所以在没有进行排序优化过的cuckoo hashing实际上是远远不如bloom filter来得还用的。(排序优化在paper后半段有讲到,实现较为复杂)。
所以综合来看目前cuckoo filter实用性并不大。
我目前的论文正着眼于改进上述问题。
@jasonxzh
请问,你的论文题目是?
这个文章 还没达到皓哥通熟易懂的境界……
@yutian2011
…
Got to the third floor
会不会有这种情况,发生冲突的时候,要被踢掉的元素也已经在他的备用位置上面了,如果把他挪走,就没有地方放了?
@cdmaok
备用位置是可以来回踢的,上文提到,发生冲突时踢的次数超过512时,表明哈希表真的满了,实际上内部出现了循环踢人的现象。就是A踢B,B踢C,C踢A。
这玩意和Bloom Filter是两码事吧,Bloom Filter每个slot只有一位,Cuckoo Filter里面每个slot都不知道要占多少位了
Cuckoo Filter应该和其他常规的哈希策略比,比如算法导论里介绍的Double Hashing,我估计好不到哪去
啊啊
@ppp项目
举报拉圾评论,左耳朵耗子,哈哈。
多路Hash表根本不怎么省空间…
大家好,不好意思,我是来做广告的,1024ss.com 解决程序员的难言之隐!
耗子,借宝地发个招聘,希望能见谅哈。
国内某知名跨境电商公司招php,25k及以上,五险一金都是全额缴纳,环境也高大上,觉得自己还不错的,然后还想学点东西的都可以加我qq:40850879 谢谢。
你好, 我是cuckoo filter的作者。刚才无意中看到你的文章, 非常感谢你的实现和精彩解读。关于你的文中这段:
“采用二维哈希表(4路slot)大约80%的占用率(CMU论文数据据说达到90%以上,应该是扩大了slot关联数目所致)”我想解释一下。 我们是使用4路的哈希表达到的96%的存储效率。 一个重要的trick就是插入的时候使用500 的max retry, 另外使用足够好的哈希function
@apc999
原作者你好,我是从您的论文中得到思路,自己实现了一个。但我并没有参考过您自己写的C++实现,所以有些地方可能有点臆断。
另外我的一个问题是,rehash发生时跟其它哈希表不同,cuckoo hashing并没有保存完整的key(只有一个备用tag),而且经过500次kickout,原有的hashtable内容被打乱。此时我扩张了bucket数目,如果使用key % (bucket_num – 1)的hash function重定位,必须从flash中重新读取所有key再进行rehash,原有hashtable中的元素是无法使用realloc(重用)的么?
学习学习
博主这里人气很旺啊
谢谢分享。。。
这个地方 bloom filter 是一个 set 吧, 用于检索 key 是否存在, 给出两种可能, 一定不存在和可能存在
而 cuckoo filter 怎么看都像是一个 hash_map, bloom filter 怎么做 kv 存储? 这个文章有点问题啊
大数据查重算法一般会选用bitmap,直接将待去重元素映射到bit数组的相应位置上。当然,在元素无法转换为唯一数字时此方案不合适。
在元素无法转换为唯一数字时,经常的用法是取其hash值,此时由于有碰撞,经典的hashmap实现是用链表法解决。当接受误差的时候,可以选择Bloofilter。
文章讲的算法是精确查重,在元素可以对应唯一数字时比bitmap没有任何优势。在元素无法对应唯一数字时,这个对比的应该是hashmap实现。但是本质上你还是要存储这么多元素。但真没看出这个对比其他经典的哈希碰撞解决方案有什么优势
hbase 上有bloom filter